Depuis le 1er janvier 2018, la gestion des milieux aquatiques et la prévention des inondations (GEMAPI) incombe aux communautés de communes. Les missions GEMAPI s’articulent autour de l’aménagement de bassins hydrographiques, la prévention et la défense contre les inondations ainsi que la protection et la restauration de sites, d’écosystèmes aquatiques, de zones humides et de formations boisées riveraines. Depuis 2018, la communauté de communes a transféré la compétence sur le bassin versant du Fresquel au SIAH du Fresquel et adhéré au Syndicat du Bassin du Grand Hers pour la compétence GEMAPI. Une convention de prestation de service sur le bassin versant Hers-Girou avec le Syndicat de Hers-Girou.

Notre territoire est concerné par 2 principaux bassins versants, l’Hers-Girou et le Fresquel, et à la marge par le Grand Hers et l’Agout. Il se situe sur la ligne de partage des eaux Méditerranée / Atlantique, à cheval entre le bassin hydrographique Rhône-Méditerranée, et Adour-Garonne.